Funkcioniranje Fakulteta zasniva se na priznavanju visokih etičkih načela poput načela savjesnosti i pravednosti, međusobnog uvažavanja kolega te poštovanja akademskih sloboda izražavanja. O provedbi tih načela brinu se etička povjerenstva ustrojena na Sveučilištu i Fakultetu.
Etičko povjerenstvo Sveučilišta ima sedam članova koje na vrijeme od četiri godine bira Senat Sveučilišta. Četiri su člana prijedlog Senata, jedan Rektora, jedan Savjeta Sveučilišta, a jedan je član prijedlog Studentskog zbora Sveučilišta. Etičko povjerenstvo predlaže Etički kodeks Sveučilišta o profesionalnom i javnom djelovanju nastavnika, znanstvenika, umjetnika i drugih zaposlenika sukladno dostojanstvu i ugledu Sveučilišta, a donosi ga Senat. Njime se utvrđuju etička načela u visokom obrazovanju, znanstvenom i istraživačkom radu na Sveučilištu, objavljivanju rezultata, odnosima među znanstvenicima, nastavnicima, suradnicima i drugim zaposlenicima u znanstvenom, nastavnom i istraživačkom procesu, postupcima i radnjama vezanim za tržišno natjecanje te u odnosima prema javnosti i medijima.
Etičko povjerenstvo Sveučilišta ima zadaću ostvarivanja i promicanja etičkih načela i vrijednosti u sustavu znanosti i visokoga obrazovanja, u poslovnim odnosima i u odnosu prema javnosti te u primjeni suvremenih tehnologija i zaštiti okoliša.
Na Fakultetu se sukladno Statutu Sveučilišta i Etičkom kodeksu Sveučilišta osniva Etičko povjerenstvo čijih pet članova Fakultetsko vijeće bira na vrijeme od četiri godine. Dva su člana Etičkoga povjerenstva iz reda nastavnika u znanstveno-nastavnom zvanju, jedan je član iz reda asistenata, jedan iz reda ostalih zaposlenika, a jedan je prijedlog Studentskoga zbora Fakulteta. Etičko povjerenstvo prati provedbu Etičkoga kodeksa Sveučilišta na samom Fakultetu i na Sveučilištu te provodi postupak utvrđivanja povrjede Etičkoga kodeksa.
Senat Sveučilišta usvojio je Pravilnik o stegovnoj odgovornosti nastavnika i suradnika Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku kojim se predviđa stegovna odgovornost nastavnika i suradnika za stegovna djela povrjede svojih radnih i drugih obveza iz rada i u vezi s njim, kao i zbog grubog narušavanja ugleda Sveučilišta ili Fakulteta. Predviđena su lakša i teža stegovna djela. Stegovni sud Fakulteta čine tri člana, od kojih su u pravilu dva iz reda znanstveno-nastavnog zvanja, a treći je član iz reda suradnika. Stegovni sud Sveučilišta ima tri stalna i dva privremena člana. Predsjednik i dva stalna člana uvijek su iz redova nastavnika Fakulteta, a imenuje ih Senat na vrijeme od četiri godine.
Stegovna je odgovornost studenata odgovornost za povrjedu obveza i/ili neispunjavanje obveza. O lakšim ili težim povrjedama obveza i/ili neispunjavanju obveza odlučuje Stegovni sud za studente koji ima tri člana. Dva člana bira Fakultetsko vijeće, dok trećega bira Studentski zbor Fakulteta na vrijeme od dvije godine. Visoki stegovni sud osniva se za svaki fakultet posebno. Visoki stegovni sud ima tri člana, a čine ga prodekan za nastavu, prodekan za znanost i predsjednik Studentskog zbora. Za lakšu povrjedu obveza i/ili neispunjavanje obveza može se izreći pisana opomena. Za težu povrjedu obveza i/ili neispunjavanje obveza mogu se izreći sljedeće stegovne mjere: zabrana polaganja ispita, privremeno isključenje sa studija ili isključenje sa studija.
